两国政府为平息事态发展而启动了一项联合调查，但无法阻止毒饺子事件愈演愈烈。这项调查后来也陷入僵局。

迫于公众压力，日本的超级市场、餐厅和学校食堂都撤回了中国农产品。来自中国的食品占日本食品进口总量的17%，但在随后几个月中，这一比例降低了20%至30%。

公众早已存在不满情绪。此前，因日本改动历史教科书以弱化其战时侵略行为，中国在2005年爆发了一轮反日游行。皮尤研究中心(Pew Research Centre)近期的调查显示，67%的日本民众表示他们对中国不抱好感。

东京大学(Tokyo university)的中国问题专家田中明彦(Akihiko Tanaka)表示：“在某种程度上，（毒饺子问题）将为日本社会某些群体的反华情绪推波助澜。这一事件强化了日方对于中国社会能否可靠运转的不信任感。”

在中国，情况亦是如此。领导层改善中日关系的决心，迄今只是收敛了公众的反日情绪。中国上世纪90年代初的教育运动，强调了日本在战争期间的暴行，由此而培养出来的年轻一代比他们的长辈更加不信任日本人。

自小泉纯一郎(Junichiro Koizumi)于2006年卸任首相后，中国政府要求国内媒体在历史争议问题上采取比较低调的处理方式。当日中两国最近举行足球比赛时，赛场中也没有了对日本队喝倒彩的嘘声——几年前，这种嘘声曾使日本民众感到愤怒。不过，在公众层面，2005年抗议游行背后的反日情绪依然没有改变。日本的情况也是如此。

谈及毒饺子事件时，天普大学(Temple University)研究亚洲问题的杰夫&S226;金斯顿(Jeff Kingston)教授表示：“几个人病了，日本就出现了媒体报道风潮，（日本人）对中国的好感明显下降。这显示出，破坏好感是多么容易。”